HCV genoma contiene l'RNA a singolo filamento carica positiva, che codifica 3 strutturale (core proteina nucleocapside e nucleoproteine E1-E2 inviluppo) e 5 proteine strutturali (NS1, NS2, NS3, NS4, NS5). Ciascuna di queste proteine sono sintetizzate anticorpi trovato nel sangue di pazienti affetti da epatite C.