Il genoma dell'HCV è rappresentato da un RNA a singolo filamento con carica positiva, che codifica per 3 proteine strutturali (core proteico del nucleocapside e nucleoproteine dell'envelope E1-E2) e 5 proteine strutturali (NS1, NS2, NS3, NS4, NS5). Per ciascuna di queste proteine, presenti nel sangue dei pazienti con epatite virale C, vengono sintetizzati transaminasi (AT).