L'agente eziologico dell'encefalite virale trasmessa dalle zecche appartiene al genere Flaviviruses. Il virione ha una forma sferica, un diametro di 40-50 nm, contiene RNA, si riproduce bene in molte culture di tessuti. Di animali da laboratorio, topi bianchi, criceti, scimmie e ratti di cotone sono più sensibili al virus. Sensibile al virus dell'encefalite trasmessa da zecche e a molti animali domestici.