Determinare l'agente eziologico è cruciale per confermare la diagnosi di pneumocistosi. Il materiale di base per studio - espettorato, secrezioni bronchiali, lavaggi ottenuti lavando il lavaggio broncoalveolare bronchi o, fette di tessuto polmonare scattata dal transbronchiale, percutanea o biopsia aperta. Molto spesso, a causa delle gravi condizioni del paziente, queste manipolazioni non vengono eseguite per evitare complicazioni.