L'individuazione del patogeno è di fondamentale importanza per confermare la diagnosi di pneumocistosi. Il materiale principale per lo studio è costituito da espettorato, secrezioni bronchiali, lavaggi ottenuti durante il lavaggio bronchiale o broncoalveolare, frammenti di tessuto polmonare prelevati durante biopsia transbronchiale, percutanea o a cielo aperto. Il più delle volte, a causa delle gravi condizioni del paziente, queste manipolazioni non vengono eseguite per evitare complicazioni.