La diagnosi clinica di qualsiasi forma di infezione da Hib, ad eccezione dell'epiglottite, è approssimativa, poiché Hib è l'agente eziologico più comune. La diagnosi di infezione da Hib si basa sull'isolamento di un'emocoltura del patogeno e su una coltura di secrezioni patologiche (liquido cerebrospinale, pus, versamento pleurico, espettorato, strisci nasofaringei).