Il trattamento dell'infezione da meningococco dipende dalla forma clinica della malattia. In caso di rinofaringite, la terapia è sintomatica. Se la diagnosi è confermata batteriologicamente, si utilizzano benzilpenicillina, ampicillina, cefalosporine di prima e seconda generazione, cloramfenicolo e pefloxacina a dosi terapeutiche medie per 3 giorni. Cotrimoxazolo e aminoglicosidi non devono essere utilizzati, poiché la maggior parte dei ceppi di meningococco attualmente esistenti è resistente.
