Clinicamente, la diagnosi di shigellosi può essere stabilita solo nei casi di una variante tipica della colite del decorso della malattia. Per chiarire la diagnosi non è confermata casi di laboratorio una sigmoidoscopia, che in tutti i casi di shigellosi rivelano un quadro di colite (catarrale, emorragica erosiva o ulcerativa) dalla lesione della mucosa del colon distale, spesso dello sfintere.