Alloimmune, o isoimmune, la neutropenia dei neonati si verifica nel feto a causa dell'incompatibilità antigenica dei neutrofili del feto e della madre. Gli isoanticorpi della madre appartengono alla classe delle IgG, penetrano nella barriera placentare e distruggono i neutrofili del bambino. Gli Isoanticorpi sono solitamente leucoagglutinine, reagiscono con le cellule del paziente e di suo padre, non reagiscono con le cellule della madre.